Hola,
Cuando dices "ahora ya no puedo ver la consola" ¿ha sucedido de repente o tras una migración?
En Windows 2008 Server, arrancando Lotus Domino como servicio no se puede ver la consola tradicional de Domino debido a una restricción / limitación del sistema operativo de Microsoft por temas de seguridad. Hay que arrancar la consola de java (que se puede quedar indefinidamente abierta).
Te indico el enlace de la nota técnica. Desconozco si en Linux ocurre un tema similar o es por falta de asignación de permisos adecuados.
Saludos.