Bien.
Cuando trabajas con Internet Sites, tienes la independencia de el tipo de autenticacion de cada uno de los servidores virtuales (sites) que hagas.
¿Por que?
Porque No son respuesta de un documento de servidor, sino que es una documento independiente, donde ademas tu defines a que servidores afecta, y luego lo puedes cambiar.
Por eso puedes crear un Site que sea por ejemplo Intranet.tuempresa.com y que haya varios servidores que respondan a ese host. Luego podrias tener un balanceador que repartiera las conexiones.
Si no trabajas con Internet Sites, entonces lo que definas en el documento de servidor lo arrastraras hacia sus servidores o host Virtuales.
Lo ideal en mi opinion son los internet sites.