Hola Jorge y Martin
Yo empezaria por distinguir dos cosas y/u objetivos
1-. Queremos apagar y encender el mismo servidor en otra maquina y ya de paso migrar la version. (esto es lo que parece que buscas)
2-. Montar un servidor nuevo en el dominio y "mover" ahi los usuarios/buzones
Para el paso 1, tendrias dos maneras de hacerlo.
Como dice Martin, lo ms "facil" es apago el servidor viejo, instalo el software en el nuevo y copio el data (no solo el mail porque necesito las bds de sistema tambien, puedes no copiar las plantillas), el notes.ini y el ID del servidor.
Antes de levantar podemos cambiar la IP y poner la "antigua" para que todo sea igual.
Si el directorio de programa y de datos esta en la misma ruta que el "viejo" solo tienes que levantar y a correr
Segunda opcion (parece que es la que has hecho)
Registro un server nuevo con otro nombre (efectivamente no puede haber dos en el mismo dominio con el mismo nombre igual que usuarios)
lo levantas configuras y replicas los buzones
Cuando estes seguro de que todo esta replicado, entonces copias el ID del server viejo, el notes.ini (recuerda que tendras que ajustar las rutas si son distintas) y listo
Opcion 2
Registrar el nuevo server (otro nombre)
Configurarlo, y replicar los buzones
Si todo esto lo has hecho puedes "mover" los usuarios con el cliente de administracion para que el proceso de administracion actualice los clientes y apunten al nuevo (con otro nombre e IP)
Es mas hasta te puedes ahorra rel paso de rpelicar los buzones, porque esta accion ya lo hace todo
Ahora bien, esto que dices de que has instalado, configurado replicado y utilizado el ID viejo...... me pita mucho (deberias ver errores de conexion en la consola)
Un Saludo