Bueno he consultado con IBM y lo que me responden es que es un problema con la versión de DOMINO que tenemos y los carácteres non-ASCII/foreign  que se usan en el subject largo. Nos mandan a este link http://www-01.ibm.com/support/docview.wss?rs=0&uid=swg21304220, y configurando nuestro servidor como manda aquí, sigue sin funcionar. Al final nos dicen que en la versión 7.03 ( en la que estamos) si mandas un subject largo y con algún carácter non-ASCII/foreign, pues trunca el asunto ( las pruebas realizadas así lo confirman). Por lo tanto como tenenemos previsto subir a la 8.5 antes de que acabe el año, pues me imagino que en esa versión, según comentan, se solucione este problema.
Espero sirva de ayuda.
Muchas gracias de todas formas por la ayuda.