Hola.
En la version 8 y superior en el asistente para la creacion del primer servidor si te permite crear una OU tipo con lo que te ahorrarias este sufrimiento.
Efectivamente no existe la opcion de mover un servidor de jerarquia y no esta soportado en el adminp. De hecho IBM te dice que es mas barato instalar un nuevo servidor y mover las cositas ahi.
http://www-01.ibm.com/support/docview.wss?uid=swg21102494
Sin embargo lo puedes hacer, desde la pestaña Configuration-->Certification-->Certificate y cogiendo el ID de la OU y luego el del servidor renombrarias el ID y el doc de servidor.
Pero te tocara buscarlo en los grupos (LocalDomainServer), cambiarlo en la ACL del names, del admin4, etc Conexiones, etc.
Si tu dominio es "nuevo" y tienes poco hecho es mas o menos controlado sino es un infierno.
Te compensa cambiar el servidor principal o de administracion a otro, dar este de baja y luego darlo de alta correctamente