Hola Iñigo,
Hemos detectado problemas, en algunos casos, por HTTPJVMMaxHeapSize=256M en el notes.ini, aunque los síntomas no eran exáctamente los que describes.
Modificando a HTTPJVMMaxHeapSize=64M se solucionó el problema. Esto afecta a la RAM disponible en el servidor para la máquina virtual, para por ejemplo la ejecución de XPages.
Un saludo