Pues de todas las BDs, las que nunca debes borrar son el names.nsf y el admin4.nsf
Porque si tenia solicitudes pendientes (un renombrado o una baja) se habran quedado a medias, si el servidor migrado no era el servidor de administracion, entonces no tienes problema, porque se crea una replica nueva desde el servidor de Administracion.
Saludos