Laura,
Las bases de datos son grandes, pero el número de documentos es pequeño. Me da la sensación de que puede haber algún problema en el servidor al que estás accediendo cuando da los errores el cliente Notes. ¿ Tienes algún mensaje significativo en log.nsf del servidor ? Revisa el espacio libre en disco en el servidor.
Por cierto, en versiones más recientes de Domino, en concreto en Domino 8.5, hay una nueva funcionalidad DAOS, que os evitaría para el número de documentos que me indicas el tener que archivar, con lo que las búsquedas se facilitarían enormemente. Puedes buscar información de DAOS en ESLUG.
Un saludo,