Hola amigos.
Gracias por las respuestas. Creo que el secreto está en el formato con el que queda guardado el vídeo en YouTube. Para el iPad debe ser MP4 (códec H.264). Voy a investigar un poco y os digo los resultados. Lo que está claro es que si publicando el vídeo con esta sentencia:
<object style="height: 390px; width: 640px"><param name="movie" value="http://www.youtube.com/v/LQ_qBdx5w1Y?version=3"><param name="allowFullScreen" value="true"><param name="allowScriptAccess" value="always"><embed src="http://www.youtube.com/v/LQ_qBdx5w1Y?version=3" type="application/x-shockwave-flash" allowfullscreen="true" allowScriptAccess="always" width="640" height="390"></object>
y unos vídeos se ven y otros no, es porque el dispositivo (iphone o iPad) encuentra un códec o formato de archivo que no le gusta. Está claro que esta es una declaración de objeto Flash pero el iPhone o el iPad lo que hacen es reproducir automáticamente el vídeo en la aplicación de reproducción de YouTube que llevan de serie. Otra cosa distinta es que pongas un objeto Flash que no sea un video Youtube, entonces la página de Adobe detecta que vienes de un iPhone y sale una página que te saca un dedito....